MD基本教程-溶菌酶的水溶液的MD模拟

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摘要:溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程GROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工具[1]。这个软件包遵守GNU协议，因此可以免费从其主页（http://www.gromacs.org）上下载。GROMACS可以在linux、unix和Windows上使用。第一步建立拓扑结构本教程使用鸡蛋清溶菌酶（PDBcode：1AK1）作为目标蛋白质。首先需要从RCSB（http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do）网站下载其三维结构文件。然后通过诸如SYBYL、DiscoveryStudio、VMD、Chimera和PyMOL等图形显示软件分析其三维结构。根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子。例如，在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时，结合在活性位点附近的水分子就必须保留。但如果利用MD模拟研究蛋白质的构象转换时，蛋白质中的结晶水就可以删除。删除PDB文件中分子可以利用简单的文本编辑软件如vi(Linux)、emacs(Linux/Mac)和Notepad(Windows)删除这些分子所对应的条目。例如，如果要删除文件中高的结晶水就可以将PDB文件中的所有“HOH”残基删除。切记不要用文字处理软件Word处理该文件。在运行pdb2gmx程序之前，一定要检查pdb文件中的MISSING条目。这些条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基。这一步是必须做的，因为不完全氨基酸残基或分子都会导致pdb2gmx命令的失败。这些遗失的原子或残基必须利用其他的软件补充完整。但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行造成影响，但有

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