MD基本教程-溶菌酶的水溶液的MD模拟

教育专区 > 初中教育 > 理化生 > 文档预览

19 页 599 浏览 19 收藏 4.9分

摘要:溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程GROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工具[1]。这个软件包遵守GNU协议，因此可以免费从其主页（http://www.gromacs.org）上下载。GROMACS可以在linux、unix和Windows上使用。第一步建立拓扑结构本教程使用鸡蛋清溶菌酶（PDBcode：1AK1）作为目标蛋白质。首先需要从RCSB（http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do）网站下载其三维结构文件。然后通过诸如SYBYL、DiscoveryStudio、VMD、Chimera和PyMOL等图形显示软件分析其三维结构。根据模拟的需要去除或保留该文件中的结晶水分子。例如，在研究蛋白质和配基之间的亲和作用时，结合在活性位点附近的水分子就必须保留。但如果利用MD模拟研究蛋白质的构象转换时，蛋白质中的结晶水就可以删除。删除PDB文件中分子可以利用简单的文本编辑软件如vi(Linux)、emacs(Linux/Mac)和Notepad(Windows)删除这些分子所对应的条目。例如，如果要删除文件中高的结晶水就可以将PDB文件中的所有“HOH”残基删除。切记不要用文字处理软件Word处理该文件。在运行pdb2gmx程序之前，一定要检查pdb文件中的MISSING条目。这些条目会标注出该晶体结构中缺失哪些原子或残基。这一步是必须做的，因为不完全氨基酸残基或分子都会导致pdb2gmx命令的失败。这些遗失的原子或残基必须利用其他的软件补充完整。但末端的遗失可能不会对动力学模拟的顺利进行造成影响，但有

温馨提示：当前文档最多只能预览 5 页，若文档总页数超出了 5 页，请下载原文档以浏览全部内容。

下载文档到电脑，方便使用

下载文档

当前文档最多只能预览 5 页
还有 2 页可预览，继续阅读

本文档由匿名用户于 2022-11-23 20:25:08上传分享

下载原文档(884.50 KB)

你可能在找

保健食品原料目录辅酶Q10的技术要求及起草说明

保健食品原料目录辅酶Q10原料名称每日用量功效名称用量范围适宜人群不适宜人群注意事项辅酶Q1030-50mg成人少年儿童、孕妇、乳母、过敏体质人群服用治疗药物的人群食用本品时应向医生咨询技术要求增强免疫力见附件抗氧化 1辅酶Q10原料技术要求【来源】辅酶Q10原料来源于微生物（酵母菌或类球红细菌）经发酵、提取、精制等过程制得。化合物名称为2-[(全-E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-十甲基-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-四十癸烯基]-5,6二甲氧基3-甲基-p-苯醌，分子式为

5.0 分 13 页 | 65.22 KB | 2021-06-26 17:51
透明质酸酶抑制实验

Elson-Morgan改良法一、实验原理透明质酸酶是Ⅰ型过敏反应的参与者，透明质酸酶与炎症、过敏有强相关性，研究报道各种肥大细胞释放组胺的药物能调节透明质酸酶活性，一些抗敏药物有强抑制透明质酸酶活性，因此抑制透明质酸酶活性作为研究抗过敏作用的指标。 1L蒸馏水中）溶液B（mol/L醋酸钠无水醋酸钠或三水合醋酸钠溶于1L蒸馏水中），混合稀释至100ml，配制成PH=的醋酸缓冲液；4、乙酰丙酮溶液：50mlL碳酸钠溶液和乙酰丙酮溶液混合均匀（临用现配）

4.9 分 2 页 | 26.00 KB | 2020-11-15 03:18
典型的PCR操作

PCR典型的操作在此处仅列出—般PCR操作过程，具体影响因素的优化将在本章第二节讨论，每一个具体操作前都需进行必要的优化。()一试剂(1)引物根据待扩增DNA不同，引物亦不同，引物的设计见本章第三节。 (2)耐热DNA聚合酶：此酶是从耐热细菌中分离出来的，能耐受高温(93—100c)，不同耐热DNA聚合酶的特性详见本章第4节。 (3)10xPCR缓冲液：500mm01／LKCl；100mmol／LTris一HCl(pH8.4，20c)，150mmolLMgCl2lmgm1o““／，／明胶(4)5mmo1／LdNTP贮备液：将dATP

3.0 分 1 页 | 15.56 KB | 2019-03-10 16:51
公共营养师考试-基础营养

基础营养第一章第一节人体构成1．构成人体的主要元素从五个层次上认识人体：原子水平、分子水平、细胞水平、组织水平、整体水平。第二节食物的消化吸收1．消化的概念人体摄入的食物必须在消化道内被加工处理分解成小分子物质后才能进入体内，这个过程称为消化。（digestion）消化分有两种方式：一是机械消化，二是化学消化，二者通常是同时进行的。2．唾液的作用（1）唾液可湿润与溶解食物，以引起味觉。（2）唾液可清洁和保护口腔，当有害物质进入口腔后。

5.0 分 22 页 | 76.50 KB | 2022-09-18 23:14
Benzamidine-Beads-4FF-20150203

.……..12.纯化流程………………………………………………………………………...13.填料清洗………………………………………………………………………...24.订购信息及相关产品………………………… ………………………………31.产品介绍BenzamidineBeads4FF是一种用于纯化胰蛋白酶、、尿激酶和激肽释放酶等丝氨酸蛋白酶的介质。苯甲脒类物质是丝氨酸蛋白酶的广谱抑制剂，BenzamidineBeads4FF是将苯甲脒类物质连接至高交联的4%琼脂糖介质上，可以从血清、细胞上清液和菌体裂解液中一步纯化样品。具体性能见表1。

4.7 分 3 页 | 34.00 KB | 2022-10-28 23:13
PGL型喷雾干燥制粒机

一、PGL型喷雾干燥制粒机用途:1、医药品的喷雾制粒：中药浸膏、抗菌素、药物胶、酵母、蛋白酶、淀粉酶、果胶酶、脂肪酶、维生素、单细胞蛋白质。 2、食品工业喷雾制粒：乳制品：速溶奶粉、脱脂奶粉、全脂奶粉、乳清粉、富脂奶粉。食物及植物汁：速溶咖啡、速溶茶、调味香料、大豆、花生蛋白速溶颗粒。水果蔬菜类：西红柿、香蕉、柑桔、杏、南瓜、西瓜。碳水化合物：玉米淀粉、玉米糖浆粉。3、洗涤剂、染料、颜料喷雾造粒：洗涤剂：酶、分散剂、乳化剂、洗衣粉、增白剂、磷酸盐、皂角甙、肥皂。染料、颜料：可溶性染料、翁染料、分散染料。

3.0 分 3 页 | 53.00 KB | 2019-07-24 02:31
酵母破壁酶溶液

北京索莱宝科技有限公司酵母破壁酶溶液货号：R1020产品内容：成分名称规格保存酵母破壁酶溶液1.25ml-20℃山梨醇缓冲液25mlRT巯基还原剂0.3mlRT保存：酶-20℃保存，山梨醇缓冲液常温保存产品说明：酵母破壁酶为蜗牛酶、纤维素酶等多种酶的混合酶，主要用于酵母细胞壁的处理。本品为50%的甘油溶液。一般1-5ml酵母培养物(不超过5×107细胞)离心后的收集物，加入25ul酵母破壁酶，470ul山梨醇缓冲液，再加入5ul巯基还原剂，30℃处理1-2小时即可(如果与玻璃珠破碎法共同作用效果会更好，特别是提取质粒等含量很少的核酸

4.9 分 1 页 | 66.37 KB | 2021-02-20 21:04
真菌基因组DNA提取试剂盒说明书

北京索莱宝科技有限公司真菌基因组DNA提取试剂盒说明书货号：D2300规格：50T/100T保存：室温(15℃-25℃)干燥保存，复检期12个月，2℃-8℃保存时间更长。试剂盒内容：D2300-50TD2300-100TRNaseA1ml1ml×2蛋白酶K1ml1ml×2玻璃珠6g11g溶液A10ml20ml溶液B10ml20ml漂洗液15ml15ml×2洗脱液10ml20ml 吸附柱50个100个收集管50个100个说明书1份1份产品简介：真菌是具有真核和细胞壁的异养生物，种属很多，已报道的属达1万以上，种超过10万个。

4.6 分 3 页 | 176.58 KB | 2021-02-11 06:13
Zamboni固定液

北京雷根生物技术有限公司www.leagene.comZamboni固定液简介：固定的目的在于保存细胞和组织的原有形态结构，固定剂能阻止内源性溶酶体酶对自身组织和细胞的自溶、抑制细菌和霉菌的生长。固定剂通过凝固、生成添加化合物等使蛋白质内部结构发生改变，从而使酶失活。固定液分为醛类固定液、汞类固定液、醇类固定液、氧化剂类固定液、苦味酸盐类固定液等，较为常用的是醛类中的福尔马林、醇类中的乙醇。 LeageneZamboni固定液(ZamboniFluid)主要由PA、多聚甲醛、磷酸盐等组成，PA可沉淀蛋白引起组织收缩，但不会使组织硬化,其与甲醛和乙酸混合后，穿透速度加快，固定均匀，组织收缩轻微

4.8 分 0 页 | 211.94 KB | 2021-03-31 18:31
DD-PDF临床意义

在其它一些病理情况下，诸如DIC时，两种的变化基本平行。在凝血过程中，纤维蛋白原在被凝血酶水解后，相继释放出纤维蛋白肽（FPA）A和肽B（FPB），剩余的可溶性纤维蛋白单体（SFM），形成可溶性纤维蛋白单体聚合物，经凝血因子XIIIa和钙离子的作用后，形成不溶性稳定的纤维蛋白，继而血液凝固。

4.8 分 7 页 | 53.00 KB | 2022-07-16 23:11